Pemberdayaan Perempuan Kepala Keluarga digagas pada akhir tahun 2000 sebagai bagian dari inisiatif Komnas Perempuan yang dikenal sebagai “Proyek Janda”. Tujuan Proyek Janda adalah untuk mendokumentasikan kehidupan para janda di daerah-daerah yang dilanda konflik. Hal ini dilakukan bersamaan dengan niat Bank Dunia melalui Program Pengembangan Kecamatan (PPK) dalam merespon permintaan janda korban konflik untuk mengakses sumber daya yang sangat dibutuhkan untuk mengatasi kesulitan ekonomi dan pengalaman traumatis mereka dengan lebih baik.
Komnas Perempuan kemudian bekerjasama dengan Pusat Pengembangan Sumberdaya Wanita (PPSW) membentuk Sekretariat Nasional (Seknas) untuk mengembangkan gagasan awal ini dan meminta Nani Zulminarni, Direktur PPSW pada saat itu untuk menjadi koordinator program ini.
Melalui proses refleksi dan diskusi intensif dengan berbagai pihak, Nani kemudian mengusulkan agar “Widows Project” ditransformasi menjadi Program Pemberdayaan Perempuan Kepala Keluarga atau disebut PEKKA agar lebih provokatif dan ideologis, yaitu dengan menempatkan janda pada kedudukan, peran, dan tanggung jawabnya sebagai kepala keluarga, bukan dilihat dari status perkawinan semata. Selain itu, upaya ini diharapkan mampu membuat perubahan sosial dan mengangkat martabat janda yang didalam masyarakat memiliki stigma negatif.
PEKKA mulai berkegiatan pada pertengahan tahun 2001, dan kelompok Perempuan Kepala Keluarga (Pekka) pertama terbentuk pada awal tahun 2002 di Pulau Adonara, Nusa Tenggara Timur. Pada tahun 2004 dibentuklah Yayasan PEKKA untuk melanjutkan pengorganisasian dan pendampingan pada kelompok Perempuan Kepala Keluarga yang disebut sebagai Kelompok Pekka.
Sejalan dengan semakin berkembangnya Kelompok Pekka di berbagai wilayah Indonesia, maka pada tahun 2008 dikembangkanlah Serikat Perempuan Kepala Keluarga atau Serikat Pekka sebagai organisasi berbasis massa yang otonom. Pada tahun 2009 Serikat Pekka dari berbagai wilayah di Indonesia membentuk organisas tingkat nasional sebagai payung organisasi gerakan Pekka yang disebut Federasi Serikat Pekka Indonesia (FSPI) Federasi adalah organisasi tingkat nasional atau sebagai payung organisasi gerakan Pekka di tingkat nasional. Sekretariat Federasi Pekka tingkat Nasional mulai aktif pada pertengahan tahun 2018.